O PCR-BS tinha como objetivo geral caracterizar ambientalmente a Área da Bacia de Santos, em escala regional, considerando as diferentes feições e habitats, de forma a auxiliar o entendimento da dinâmica desse ecossistema, viabilizando o planejamento e gestão ambiental da área.
Foram definidos escopos específicos para os meios físico, biótico e socioeconômico da região em estudo. Contudo, os objetivos específicos relacionados ao meio socioeconômico foram excluídos do PCR-BS pelo IBAMA, uma vez que já eram abordados em projetos específicos: Projeto de Caracterização Socioeconômica da Atividade Pesqueira na Bacia de Santos e o Projeto de Monitoramento Socioeconômico.
O projeto foi dividido em duas fases:
- Fase I: levantamento e organização de dados ambientais pretéritos da região;
- Fase II: levantamento de dados primários.
As coletas de amostras foram realizadas entre junho e novembro de 2019 (água e sedimento); fevereiro, março e junho de 2021 (sedimento) e; entre dezembro de 2021 e março de 2022 (água), totalizando 356 dias de mar.
O relatório final do PCR-BS foi protocolado no IBAMA em dezembro de 2022, dividido em seis volumes: